Il me semble que Céline Alvarez en parle dans ses vidéos.
Petite interprétation/résumé perso (voir les vidéos, c’est mieux ;)) : Ce n’est pas vraiment un problème. Tant que l’écriture phonétique n’est qu’un passage temporaire qui permet d’aller vers la lecture “vraie” (d’albums, de panneaux, etc.) -> l’orthographe se fixera plus tard avec la lecture.
De plus, l’encodage demande déjà beaucoup d’effort. On n’explicitera à l’enfant à l’enfant la différence entre écriture phonétique et écriture avec la bonne orthographe qu’une fois l’encodage un minimum maîtrisé (pour ne pas le surcharger). Et on pourra reprendre (avec bienveillance) à partir de ce moment là.